2026年9月から残業の指導が変わる｜月45時間以内はどうなる？ 

厚生労働省は時間外労働や休日労働に関する監督指導について、2026年9月1日より運用を見直す方針を明らかにしました。

この見直しは、法律に定められた上限規制を緩和するものではなく、現場の実態に即した指導を行うための運用方針の変更です。

本記事では残業の変更点について解説します。

2026年9月からの変更点

残業の指導に関する変更点は大きく3つあります。

それぞれ確認していきましょう。

変更点1：時間数だけを見た一律指導の取りやめ

残業の指導に関する変更点として、時間数だけをみた一律指導の取りやめが考えられます。

これまでの監督指導では、36協定を適法に締結している事業場であっても、時間外労働が月45時間を超えている事実のみに着目して指導が行われる傾向がありました。

その結果、突発的なトラブルや季節変動に対応した企業において混乱が生じる事例も見受けられました。

2026年9月1日以降は、時間数のみに着目して一律に月45時間以内への削減を求める指導が見直されます。

適法な手続きを経て特別条項を適用している場合、時間数の削減ではなく、その残業が発生した背景や業務の必要性が個別に判断されることになります。

変更点2：36協定の健康確保措置が確認の重点に

残業の指導に関する変更点として、36協定の健康確保措置の実施状況が重点的に確認されるようになったことです。

健康確保措置とは、長時間の時間外労働を行う労働者の健康障害を予防するために事業主が講じる具体的な対策を指します。

特別条項を定めて、月45時間を超える残業を認める際には、この健康確保措置を労使で協定することが法律上の必須要件です。

監督指導の現場では、協定書に形式的に措置を記載しているだけでなく、対象となる労働者に対して実際にその措置が講じられているかが確認されます。

書面上だけの取り決めにしておき、実際には医師の面接を受けさせていなかったり、記録を残していなかったりする企業は、厳しい指導を受ける可能性があります。

変更点3：相談・支援体制の強化

残業の指導に関する変更点として、中小企業をはじめとする各事業場への支援体制が拡充されることがあげられます。

全国に設置されている働き方改革推進支援センターに、36協定や特別条項の適切な締結を支援する専門相談窓口が新設されます。

専門相談窓口とは、社会保険労務士などの専門家が労働時間管理や協定の作成について助言を行う公的な窓口を指します。

人手不足の中でどのように労働時間を短縮すべきか悩む企業に対して、事前相談や改善計画の作成支援が行われる予定です。

さらに、働き方改革推進支援センターと労働基準監督署が連携し、企業を直接訪問して助言を行う取り組みも展開されます。

違反を摘発することだけを目的とするのではなく、企業が自発的に労務環境を改善できるよう行政側が伴走する姿勢が強まります。

協定の結び方や就業規則の整備に迷う事業者は、指導を受ける前にこうした公的窓口や社会保険労務士への相談を検討することがメリットとなります。

早い段階で専門家の知見を取り入れることで、法律に違反するリスクを未然に防ぐことが可能になります。

重大・悪質な事案には引き続き厳正に対応

時間外労働の指導方針の見直しは、決して違法な長時間労働の容認や規制の緩和を意味するものではありません。

協定で定めた上限時間を超えて労働させている場合や、割増賃金を適正に支払っていないような事案に対しては、これまで通り厳正な監督指導が行われます。

時間数の確認が緩やかになるという解釈は誤りです。

また、過重労働によって労働者に健康障害が生じる危険性が高いと判断された場合も、速やかな是正勧告の対象となります。

現行の残業時間の上限規制と36協定のルール

残業時間の緩和を正確に把握するには、労働基準法における労働時間の上限規制と36協定の仕組みを再確認しておく必要があります。

確認していきましょう。

36協定とは

36協定とは、労働基準法に基づいて労使間で締結される、時間外労働や休日労働に関する労使協定を指します。

36協定を締結せずに法定労働時間を超えて労働させた場合、労働基準法違反となります。

協定を締結する場合、労働者の過半数で組織する労働組合、または労働者の過半数を代表する者との間で書面による合意を交わす必要があります。

協定を結ぶ当事者となる労働者代表は、従業員の意見を正しく反映できる人物でなければなりません。

労使で締結した36協定書は、所轄の労働基準監督署長へ届け出ることで法的な効力を持ちます。

協定の届出を行わずに残業を命じることは認められておらず、企業活動において基礎となる非常に重要な手続きです。

労働者代表の選出にあたっては、使用者の意向によって指名することは禁止されており、投票や挙手などの民主的な方法で行われなければなりません。

上限の原則｜月45時間・年360時間

36協定を締結して届け出た場合でも、無制限に残業を命じることはできません。

法律により、時間外労働には明確な限度時間が定められています。

一般の労働者に対する原則的な限度時間は、月45時間、年360時間までと定められています。

この時間は、従業員が健康を維持しながら働き続けることができる目安として設定されています。

この原則的な上限は、通常予見できる業務の範囲内で適用されるものです。

限度時間を超える残業は原則として禁止されており、企業は業務配分の見直しや効率化を進めてこの枠内に収める努力が求められます。

1年単位の変形労働時間制を採用している対象者については、対象期間が3か月を超える場合、月42時間、年320時間が上限となります。

この原則の上限時間には、所定外労働時間ではなく法定時間外労働時間のみがカウントされ、法定休日労働の時間数は含まれません。

上限の例外｜特別条項付き36協定

突発的な仕様変更や機械の故障、決算業務など、通常予見できない特別な事情によって原則の上限を超える必要がある場合には、特別条項付き36協定を締結します。

特別条項とは、臨時的に限度時間を超えて労働させる必要がある場合に備えて、あらかじめ労使協定に定めておく特例事項を指します。

特別条項を適用するためには、具体的かつ臨時的な理由が存在することが条件であり、単に業務が忙しいという理由や恒常的な人手不足を理由にすることは認められません。

たとえば、「通常業務の処理量が多いため」といった理由では認められず、「大規模な製品リコールへの緊急対応のため」などの明確な事由が必要です。

特別条項を発動する際には、労使間で定められた所定の手続きを経る必要があります。

具体的には、労働者代表への事前の通知や協議の場を設けるなど、協定書に定めた手続きを確実に実施しなければなりません。

手続きを省略して上限を超える残業を命じた場合、特別条項自体の有効性が否定されるおそれがあります。

年間の適用回数についても厳密な上限が定められており、日々の計画的な管理が不可欠となります。

特別条項で守るべき上限

特別条項を締結した場合であっても、完全に上限が撤廃されるわけではありません。

過労死を防ぎ労働者の健康を守る観点から、超えてはならない上限基準が法律で細かく定められています。

年間の時間外労働は720時間以内、単月の時間外労働および休日労働の合計は100時間未満に抑えなければなりません。

さらに、2か月から6か月のどの期間を取り出して平均を計算しても、休日労働を含めて月平均80時間以内に収める必要があります。

月45時間を超えることができる回数は、1年間のうち最大で6か月までに制限されています。

特別条項で遵守しなければならない具体的な上限ルールは以下の通りです。

制限項目	法定の上限基準	適用時の主な留意点
年間時間外労働枠	年720時間以内	休日労働を含まない純粋な時間外労働の時間数
単月の上限枠	1か月100時間未満	時間外労働と休日労働を合算した時間数
複数月平均枠	2か月から6か月平均80時間以内	休日労働を含めどの2〜6か月を平均しても80時間以内
適用可能月数	年6か月まで	月45時間を超えられる回数は年間最大6回

これらの数値は絶対的な上限値であり、労使が合意して協定を結んでいたとしても、1時間でも超過した場合は法律違反となります。

特に複数月平均80時間以内の計算は、前月以前の残業時間も含めて常に管理し続けなければならないため、慎重な勤怠管理が求められます。

当月と前月の2か月平均だけでなく、直近6か月までのすべての組み合わせで基準を満たしているかを確認する体制が必要です。

36協定に定める「健康福祉確保措置」の選択肢

36協定の特別条項を適用して月45時間を超える労働を命じる際には、労働者の健康と福祉を確保するための措置を協定に明記しなければなりません。

法律の規定や行政の指針では、協定に定めるべき健康福祉確保措置として具体的な選択肢が示されています。

長時間の労働が続く従業員の心身の疲労を回復させ、重大な疾病の発症を防ぐことがこの措置の目的です。

企業は自社の労働環境や人員体制に見合った現実的な措置を選ぶ必要があります。

労使で協議の上で選択する代表的な健康福祉確保措置は以下の通りです。

• 労働時間が一定時間を超えた労働者に対する医師による面接指導
• 深夜業の回数を1か月について一定回数以内とする制限
• 終業から次の始業までに一定時間の休息時間を設ける勤務間インターバル制度の導入
• 連続した年次有給休暇の取得促進や特別休暇の付与
• 定期健康診断の結果に基づく産業医などの助言および保健指導
• 心身の健康に関する専門窓口の設置と相談対応の実施

協定書を作成する際は、これらの項目の中から自社の実態に合った措置を選択し、対象者の要件や実施時期を具体的に定めておく必要があります。

選択した措置を実行できる社内体制を整えておくことが欠かせません。

協定に記載しながら実際には措置を実施しない場合、協定内容の不履行として指導の対象となります。

上限規制に違反した場合の罰則

時間外労働の上限規制に違反した企業や管理者に対しては、厳しい刑事罰が定められています。

労働基準法に基づき、違反した事業主や労務管理の責任者には、6か月以下の拘禁刑または30万円以下の罰金が科される可能性があります。

これは企業に対する過料のような行政処分ではなく、刑罰として科される重い制約です。

違反行為を行った現場の責任者だけでなく、法人としての企業自身も処罰の対象となる両罰規定が適用されます。

さらに、悪質な違反が確認された場合には、労働基準監督署から是正勧告が出されるだけでなく、厚生労働省のウェブサイト上で企業名が公表されるリスクもあります。

企業名が公表された場合、社会的信用の低下や採用活動への悪影響など、事業運営に及ぼす打撃は大きくなります。

ハローワークにおける求人の不受理や、公共事業の入札停止措置など、多方面にわたる事業上の不利益が生じることになります。

法令遵守の徹底は、企業の存続にとっても避けて通れない課題です。

指導方針の見直しで企業が取るべき対応

2026年9月からの新しい指導方針に対応するため、各企業は労務管理体制の総点検を行う必要があります。

残業時間を単に減らすという視点だけでなく、協定の適正な締結と健康管理の実効性を高める取り組みが重要です。

労働基準監督署の監督方針が変わるからといって、管理を緩めてよいわけではありません。

実態に即した正確な管理を行うために、社内の労務体制を段階的に整備していく必要があります。

36協定の具体化する

最初に行うべきことは、自社が締結している36協定届の内容を見直し、より実態に即した内容へと具体化することです。

特に特別条項を定めている事業場では、限度時間を超えて労働させる理由が具体的かつ臨時的なものになっているかを確認します。

業務上やむを得ないときといった抽象的な表現ではなく、大規模なシステム障害への緊急対応や決算期における集中監査対応のように明確に記載する必要があります。

理由があいまいな協定は、特別条項の適用事由を満たしていないと行政から判断される原因になります。

協定に定める健康福祉確保措置についても、自社で確実に実行できる内容を選択することが求められます。

たとえば医師による面接指導を選択した場合、面接を実施する基準となる時間数や、医師の手配方法を事前に労使で決めておかなければなりません。

実態と乖離した協定を結ぶことは指導対象となる原因となるため、労使協議の場を設けて条項を精査することが大切です。

就業規則や協定書の改訂作業が自社のみで完結しない場合は、労務管理の専門家である社会保険労務士へ相談しながら進めるのが確実です。

措置の実施状況を記録に残す

36協定で定めた健康確保措置を実際に実施し、その記録を適切に保存する仕組みを構築します。

関連する法律の規定により、使用者は健康福祉確保措置の実施状況に関する記録を作成し、協定の有効期間中および満了後5年間（経過措置により当面の間は3年間）保存することが義務付けられています。

制度を用意しただけでは足りず、対象となった労働者に対していつどのような措置を実施したかを客観的に証明できなければなりません。

記録の管理がずさんであると、監督指導の際に適切な労務管理を行っていないとみなされてしまいます。

労働時間を把握する

会社の残業緩和措置に伴う対応として、全従業員の労働時間を客観的かつ正確に把握することです。

労働安全衛生法に基づき、事業者はタイムカードやパソコンの使用時間の記録など客観的な方法を用いて、労働者の労働時間の状況を把握しなければなりません。

客観的な労働時間把握とは、自己申告のみに頼らず、機械的な記録等によって労働者が実際に労働した時間を把握することを指します。

タイムカードの打刻時刻とパソコンのログデータに大きな乖離がないかを定期的に確認し、サービス残業が発生していないかを点検する仕組みが非常に重要です。

月の途中で残業時間が45時間を超えそうな従業員を早期に検知できるアラート機能を導入するなど、予防的な時間管理を行うことも確認してください。

まとめ

今回は残業時間の緩和について紹介しました。

2026年9月からの残業指導方針の見直しは、労働基準監督署の確認重点が時間数の一律指導から、健康確保措置の履行へと転換することを目的としています。

上限規制の法令そのものは維持されるため、企業は労働時間を客観的に把握しつつ、特別条項の要件充足や措置の実施記録の保存を徹底しなければなりません。

この緩和の解釈を誤ると、従業員とのあいだで大きなトラブルになり得る可能性がありますので、制度の見直しを行う場合には弁護士へ相談することを検討してください。